(一)承担政府公共管理和服务职能。组织编写生态农业发展规划、行业研究、行业分析、行业标准等；组织经济技术交流合作，促进品牌战略、专利战略、技术转移战略、标准战略发展重大课题研究；承担食品安全信用体系建设等各项服务项目。参与生态农业创新基地建设重大决策及立法过程中论证和决策咨询，反映行业发展诉求；构建科技成果托管与交流平台；组织凝练重大研发项目和技术成果转化及产业化项目。
(二)创办研发机构，共享创新资源。支持联盟成员设立专业研发机构，积极推荐其参与北京市和国家各类研发机构资质认证；建立公共研发服务平台，并与各成员研发机构构建协同创新网络，为联盟内成员及行业企业提供检测、分析、测试等科技条件服务。
(三)开展联合攻关和技术研发。开展联盟战略研究与发展规划制定工作，广泛聚集首都地区生态农业科技创新资源，联合攻关生态农业生物技术、生态农业信息技术、生态农业设施设备等共性、关键、核心技术难题。
(四)科技成果转化及产业发展促进。建立重大项目筛选机制，推进实施能形成较大产业规模并显著提升生态农业技术水平和核心竞争力的成果转化项目。
(五)开展标准化工作。以标准为纽带，凝聚产业资源，共同制定国际、国内、行业技术标准，特别是与食品安全生产、加工、运输、储藏相关的技术、产品、检测等标准。推动联盟知识产权各项工作，增强联盟对生态农业的引领能力、市场准入能力和新市场开拓能力。
(六)开展行业服务。引领联盟内各类服务资源开展产业链各环节的合作，为生态农业产业发展服务。侧重于共性技术研发服务、技术转移、人才引进与培养、投贷债租、金融的服务，全面提升生态农业协同创新能力。
(七)开展品牌建设，开拓产品服务市场。组织联盟内成员参加国内外高水平展览、展示、业务交流会，以联盟名义举办技术产品论坛及推广活动。组织推荐联盟企业研发新产品参加北京市及国家创新产品、重大新产品认定以及参加首购、订购、首台（套）重大技术装备试验、示范项目、推广应用等政府采购活动。
(八)开展国际交流与合作，拓展国际市场。参与国际科技合作、国际论坛和展会。依托国际、国内市场，促进现代农业国际化发展。
(九)开展生态文明建设，组织公益慈善活动。